La Organización del Tratado de Cooperación Amazónica (OTCA) cuenta con las siguientes instancias: 

La Reunión de Ministros de Relaciones Exteriores es la instancia máxima de decisión responsable por fijar las directrices básicas de la política común, evaluar iniciativas desarrolladas y adoptar decisiones necesarias a la consecución de los fines propuestos. 

El Consejo de Cooperación Amazónica (CCA) es integrado por los representantes diplomáticos de alto nivel de los Países Miembros del Tratado.  Tiene por atribuciones velar por el cumplimiento de los objetivos, finalidades del Tratado y de las decisiones adoptadas en las reuniones de Ministros de Relaciones Exteriores.  

La Comisión de Coordinación del Consejo de Cooperación Amazónica (CCOOR) es conformada por los representantes de los Países Miembros acreditados ante la OTCA. Es un órgano consultivo y auxiliar del CCA.

A nivel nacional los Países Miembros cuentan con las Comisiones Nacionales Permanentes (CNPs) que son las encargadas de la ejecución de las decisiones de las instancias de la Organización. En estas Comisiones se reúnen, bajo orientación de las Cancillerías, todas las instituciones responsables por el desarrollo y cooperación amazónica en sus respectivos territorios. 

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